Passaram-se 20 anos desde os eventos do jogo original. O vírus venceu e a humanidade está morrendo aos poucos. Você é Aiden Caldwell, um Peregrino andarilho que faz entregas, leva notícias e conecta os poucos assentamentos de sobreviventes que restam nas terras devastadas pelo vírus zumbi. No entanto, seu verdadeiro objetivo é encontrar sua irmãzinha Mia, que você deixou quando criança para fugir dos experimentos torturantes do Dr. Waltz. Assombrado pelo passado, você acaba tomando a decisão de confrontá-lo ao saber que Mia pode estar viva em Villedor — a última cidade da Terra.
